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Eine korrekte Ausrichtung ist eine grundlegende Voraussetzung in der Homologiemodellierung. Um jedoch die strukturelle Lücke zwischen Template und Ziel zu überbrücken, die nicht nur Umstellungen von Schleifen, sondern auch Verschiebungen von Sekundärstrukturelementen und die Neubestückung von Kernrückständen beinhalten kann, sind hochauflösende Verfeinerungsmethoden mit vollständigen atomaren Details erforderlich. Hier beschreiben wir vier Ansätze, die dieses "letzte Stück des Protein-Faltungsproblems" ansprechen und während CASP8 gut abgeschnitten haben, was zu physisch realistischen Modellen führt: YASARA, das molekulare Dynamik-Simulationen von Modellen in explizitem Lösungsmittel durchführt und dabei ein neues, teilweise wissensbasiertes All-Atom-Kraftfeld verwendet, das aus Amber abgeleitet wurde und dessen Parameter optimiert wurden, um den Schaden an Protein-Kristallstrukturen zu minimieren. Der LEE-SERVER, der umfassend die Konformationsraum-Glättung nutzt, um Ausrichtungen zu erstellen, um Modeller zu helfen, physikalisch realistische Modelle zu bauen und Input-Einschränkungen von Vorlagen und CHARMM-Stereochemie zu erfüllen sowie die Seitenketten neu zu gestalten. ROSETTA, dessen hochauflösendes Verfeinerungsprotokoll ein physikalisch realistisches All-Atom-Kraftfeld mit Monte-Carlo-Minimierung kombiniert, um den großen Konformationsraum schnell zu erfassen. Und schließlich UNDERTAKER, das einen Pool von Kandidatenmodellen aus verschiedenen Vorlagen erstellt und diese dann mit einem adaptiven genetischen Algorithmus optimiert, wobei eine hauptsächlich empirische Kostenfunktion verwendet wird, die keine Bindungswinkel, Bindungslängen oder andere physikähnliche Begriffe beinhaltet.
Krieger et al. (Thu,) untersuchten diese Frage.