Schnelle und genaue de novo Genomassemblierung aus langen, nicht korrigierten Reads

Die Assemblierung von langen Reads von Pacific Biosciences und Oxford Nanopore Technologies erfordert typischerweise ressourcenintensive Fehlerkorrektur- und Konsensgenerierungs-Schritte, um qualitativ hochwertige Assemblierungen zu erhalten. Wir zeigen, dass der Fehlerkorrekturschritt weggelassen werden kann und dass qualitativ hochwertige Konsenssequenzen effizient mit einem SIMD-beschleunigten, teilgeordneten, auf Alignment basierenden, eigenständigen Konsensmodul namens Racon generiert werden können. Basierend auf Tests mit PacBio- und Oxford Nanopore-Datensätzen zeigen wir, dass Racon in Kombination mit miniasm Konsensusgenome mit ähnlicher oder besserer Qualität als state-of-the-art Methoden ermöglicht und dabei um einen Faktor schneller ist.