Transkriptomassemblierung aus Lang-Read-RNA-Seq-Ausrichtungen mit StringTie2

RNA-Sequenzierung mit den neuesten Single-Molekül-Sequenzierinstrumenten erzeugt Reads, die Tausende von Nukleotiden lang sind. Die Fähigkeit, diese langen Reads zusammenzusetzen, kann die Sensitivität von Lang-Read-Analysen erheblich verbessern. Hier stellen wir StringTie2 vor, einen referenzgeleiteten Transkriptom-Assembler, der sowohl mit kurzen als auch mit langen Reads arbeitet. StringTie2 enthält neue Methoden, um die hohe Fehlerrate langer Reads zu bewältigen, und bietet die Möglichkeit, mit voll-langen Super-Reads zu arbeiten, die aus kurzen Reads assembliert wurden, was die Qualität von Kurz-Read-Assemblierungen weiter verbessert. StringTie2 ist genauer, schneller und verwendet weniger Speicher als alle vergleichbaren Werkzeuge für Kurz-Read- und Lang-Read-Analysen.