Analyse von Protein-Protein-Interaktionsnetzwerken

Das Aufkommen der "Omics"-Ära in der Biologieforschung hat neue Herausforderungen mit sich gebracht und erfordert die Entwicklung neuartiger Strategien zur Beantwortung zuvor unlösbarer Fragen. Molekulare Interaktionsnetzwerke bieten einen Rahmen zur Visualisierung zellulärer Prozesse, aber ihre Komplexität macht ihre Interpretation oft zu einer überwältigenden Aufgabe. Die von Natur aus künstliche Natur der Methoden zur Interaktionsdetektion und die Unvollständigkeit der derzeit verfügbaren Interaktionskarten verlangen nach einer sorgfältigen und gut informierten Nutzung dieser wertvollen Daten. In diesem Tutorial zielen wir darauf ab, einen Überblick über die wichtigsten Aspekte zu geben, die jeder Forscher berücksichtigen muss, wenn er mit molekularen Interaktionsdatensätzen arbeitet, und wir skizzieren ein Beispiel für die Interaktomanalyse. Unter Verwendung der molekularen Interaktionsdatenbank IntAct, der Softwareplattform Cytoscape und deren Plugins BiNGO und clusterMaker und basierend auf einer Liste von Proteinen, die in einem massenspektrometriebasierten Proteomik-Experiment identifiziert wurden, zeigen wir, wie man ein Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk aufbaut, visualisiert und analysiert.