Die NCATS BioPlanet – Eine integrierte Plattform zur Erforschung des Universums von Zell-Signalwegen für Toxikologie, Systembiologie und chemische Genomik

Die chemische Genomik zielt darauf ab, die Wirkungen von kleinen Molekülverbindungen auf biologische Systeme umfassend zu definieren und letztendlich vorherzusagen. Ansätze zur chemischen Aktivitätsprofilierung müssen die chemischen Effekte auf alle in Säugetierzellen aktiven Wege berücksichtigen. Um eine strategische und maximal effiziente chemische Profilierung des Wegraums zu ermöglichen, haben wir die NCATS BioPlanet geschaffen, eine umfassende integrierte Ressourcen für Wege, die das Universum von 1.658 menschlichen Wegen umfasst, die aus öffentlich verfügbaren, manuell kuratierten Quellen stammen und einer gründlichen Redundanz- und Konsistenzevaluierung unterzogen wurden. BioPlanet unterstützt interaktives Browsing, Abruf und Analyse von Wegen, Erforschung von Wegverbindungen und Wegsuche nach Genzielen, Kategorie und Verfügbarkeit entsprechender Bioaktivitätsassays sowie die Visualisierung von Wegen auf einem dreidimensionalen Globus, bei dem der Abstand zwischen zwei Wegen proportional zu ihrem Grad an Überlappung der Genbestandteile ist. Mit dieser Ressource schlagen wir eine Strategie vor, um eine minimale Menge von 362 biologischen Assays zu identifizieren, die das Universum der menschlichen Wege untersuchen können. Die NCATS BioPlanet ist eine öffentliche Ressource, die kontinuierlich erweitert und aktualisiert wird, für Systembiologie, Toxikologie und chemische Genomik, verfügbar unter http://tripod.nih.gov/bioplanet/.