Vergleichendes Proteinstruktur-Modellieren mit Modeller

Das vergleichende Proteinstruktur-Modellieren sagt die dreidimensionale Struktur einer gegebenen Proteinsequenz (Ziel) vor allem basierend auf ihrer Ausrichtung zu einem oder mehreren Proteinen bekannter Struktur (Vorlagen) voraus. Der Vorhersageprozess umfasst die Faltzuordnung, die Ziel-Vorlagen-Ausrichtung, den Modellaufbau und die Modellevaluation. Diese Einheit beschreibt, wie man vergleichende Modelle mit dem Programm MODELLER berechnet und wie man die ModBase-Datenbank solcher Modelle verwendet, und behandelt alle vier Schritte des vergleichenden Modellierens, häufig beobachtete Fehler und einige Anwendungen. Das Modellieren von Laktatdehydrogenase aus Trichomonas vaginalis (TvLDH) wird als Beispiel beschrieben. Der Download und die Installation der MODLLER-Software werden ebenfalls erläutert. © 2016 von John Wiley & Sons, Inc.