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Innerhalb der Art Escherichia coli gibt es eine umfangreiche genetische Substruktur. Im Jahr 2000 wurde von Clermont und Kollegen eine einfache Triplex-PCR-Methode beschrieben, die es ermöglicht, ein E. coli-Isolat einer der Phylo-Gruppen A, B1, B2 oder D zuzuordnen. Der wachsende Pool aus Daten zu mehrfachen Loci und Genomdaten für E. coli hat unser Verständnis der Phylo-Gruppen-Struktur von E. coli verfeinert, und es sind nun acht Phylo-Gruppen anerkannt: sieben (A, B1, B2, C, D, E, F) gehören zu E. coli sensu stricto, während die achte die Escherichia cryptic clade I ist. Hier wird eine neue PCR-basierte Methode entwickelt, die es ermöglicht, ein E. coli-Isolat einer der acht Phylo-Gruppen zuzuordnen und die es erlaubt, Isolate zu identifizieren, die Mitglieder der anderen kryptischen Kladen (II bis V) von Escherichia sind. Die Entwicklung der Methode wird beschrieben und die Methode wird validiert. Über 95 % der E. coli-Isolate können korrekt einer Phylo-Gruppe zugeordnet werden. Zwei Sammlungen menschlicher fäkaler Isolate wurden mit der neuen Phylo-Gruppen-Zuordnungs-Methode untersucht, wobei gezeigt wurde, dass etwa 13 % der E. coli-Isolate zu den neu beschriebenen Phylo-Gruppen C, E, F und Klade I gehören.
Clermont et al. (Donnerstag) haben diese Frage untersucht.