GTDB: eine laufende Volkszählung der bakteriellen und archäischen Vielfalt durch eine phylogenetisch konsistente, rangnormierte und vollständige genom-basierte Taxonomie

Die Genome Taxonomy Database (GTDB; https://gtdb.ecogenomic.org) bietet eine phylogenetisch konsistente und rangnormierte genom-basierte Taxonomie für prokaryotische Genome, die aus der NCBI Assembly-Datenbank stammen. GTDB R06-RS202 umfasst 254.090 bakterielle und 4.316 archäische Genome, was einem Anstieg von 270 % seit der Einführung der GTDB im November 2017 entspricht. Diese Genome sind in 45.555 bakterielle und 2.339 archäische Speziescluster organisiert, was einen Anstieg von 200 % seit der Integration von Speziesclustern in die GTDB im Juni 2019 darstellt. Hier untersuchen wir die prokaryotische Vielfalt aus der Perspektive der GTDB und heben die Bedeutung von metagenomisch zusammengesetzten Genomen zur Erweiterung der verfügbaren genomischen Repräsentation hervor. Wir diskutieren auch Verbesserungen der GTDB-Website, die das Verfolgen taxonomischer Änderungen, die einfache Bewertung der Qualität der Genomassemblierung und die Identifizierung von Genomen, die aus Typmaterial oder als Artenvertreter verwendet werden, ermöglichen. Methodische Updates und politische Änderungen, die seit der Gründung der GTDB vorgenommen wurden, werden dann zusammen mit dem Verfahren zur Aktualisierung von Speziesclustern in der GTDB beschrieben. Wir schließen mit einer Diskussion über die Verwendung durchschnittlicher Nukleotididentitäten als pragmatischen Ansatz zur Abgrenzung prokaryotischer Arten.