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Das Wissen über Protein-Ligand-Bindungsstellen (LBS) ermöglicht Forschungsarbeiten von der Funktionsannotation von Proteinen bis hin zu strukturbasiertem Arzneimitteldesign. Zu diesem Zweck haben wir zuvor ein eigenständiges Tool, P2Rank, und den Webserver PrankWeb (https://prankweb.cz/) für schnelle und genaue LBS-Vorhersagen entwickelt. Hier präsentieren wir wesentliche Verbesserungen an PrankWeb. Erstens wird eine neue, genauere Schätzpipeline zur evolutionären Erhaltung basierend auf der UniRef50-Sequenzdatenbank und dem HMMER3-Paket eingeführt. Zweitens erlaubt PrankWeb den Nutzern jetzt, die UniProt-ID einzugeben, um LBS-Vorhersagen in Situationen durchzuführen, in denen keine experimentelle Struktur verfügbar ist, indem das AlphaFold-Modell-Datenbank genutzt wird. Darüber hinaus wurden eine Reihe von kleineren Verbesserungen implementiert. Dazu gehören die Möglichkeit, PrankWeb und P2Rank als Docker-Container bereitzustellen, Unterstützung für das mmCIF-Dateiformat, verbesserter öffentlicher REST-API-Zugang oder die Fähigkeit, die LBS-Vorhersagen für das gesamte PDB-Archiv und Teile der AlphaFold-Datenbank im Batch herunterzuladen.
Jakubec et al. (Freitag) haben diese Frage untersucht.