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Die Strukturbiologie, Homologiemodellierung und rationales Design von Arzneimitteln benötigen genaue dreidimensionale makromolekulare Koordinaten. Allerdings wurden die Koordinaten in der Protein-Datenbank (PDB) nicht alle mit den neuesten experimentellen und rechnerischen Methoden gewonnen. In dieser Studie wird eine Methode zur automatisierten Neu-Refinierung bestehender Strukturmodelle in der PDB vorgestellt. Ein großangelegter Benchmark mit 16.807 PDB-Einträgen zeigte, dass sie hinsichtlich der Übereinstimmung mit den hinterlegten experimentellen Röntgendaten sowie in Bezug auf die geometrische Qualität verbessert werden können. Das Neu-Refinierungsprotokoll verwendet TLS-Modelle, um konzertierte Atombewegungen zu beschreiben. Die resultierenden Strukturmodelle werden über die PDBREDO-Datenbank (http://www.cmbi.ru.nl/pdbᵣedo/) zur Verfügung gestellt. Grid-Computing-Techniken wurden verwendet, um die rechnerischen Anforderungen dieses Vorhabens zu bewältigen.
Joosten et al. (Do,) haben diese Frage untersucht.