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Der Open-Source De-Novo-Assembler auf Proteinebene, Plass ( https://plass.mmseqs.com ), assembliert sechsrahmen-transformierte Sequenzlesungen in Proteinsequenzen. Er gewinnt 2-10 Mal mehr Proteinsequenzen aus komplexen Metagenomen zurück und kann riesige Datensätze zusammenstellen. Wir haben zwei redundanzgefilterte Referenzprotein-Kataloge erstellt: 2 Milliarden Sequenzen aus 640 Bodenproben (Bodenreferenzprotein-Katalog) und 292 Millionen Sequenzen aus 775 marinen eukaryotischen Metatranskriptomen (mariner eukaryotischer Referenzkatalog), die größten freien Sammlungen von Proteinsequenzen.
Steinegger et al. (Mon,) haben diese Frage untersucht.