ICEberg: Eine webbasierte Ressource für integrative und konjugative Elemente, die in Bakterien gefunden werden

ICEberg (http://db-mml.sjtu.edu.cn/ICEberg/) ist eine integrierte Datenbank, die umfassende Informationen über integrative und konjugative Elemente (ICEs) bietet, die in Bakterien vorkommen. ICEs sind konjugative, selbstübertragbare Elemente, die in ein Wirtschromosom integriert werden können und sich daraus ausschneiden lassen. Ein ICE enthält drei typische Module: Integrations- und Exzisionsmodule, Konjugationsmodule und Regulationsmodule, die zusammen die vertikale Vererbung und den periodischen lateralen Genfluss fördern. Viele ICEs tragen wahrscheinlich Virulenzfaktoren, antibiotikaresistente Faktoren und/oder Gene, die für andere vorteilhafte Eigenschaften kodieren. ICEberg bietet ein einzigartiges, gut organisiertes und leicht durchsuchbares Archiv sowohl von vorhergesagten als auch von experimentell unterstützten, ICE-relevanten Daten. Es enthält derzeit Details zu 428 ICEs, die in Vertretern von 124 Bakterienarten gefunden wurden, sowie eine Sammlung von über 400 direkt verwandten Referenzen. Eine breite Palette von Ähnlichkeitssuch-, Sequenzabgleich-, Genomkontextbrowser-, phylogenetischen und anderen funktionalen Analysewerkzeugen sind über ICEberg leicht zugänglich. Wir schlagen vor, dass ICEberg die effiziente, multidisziplinäre und innovative Erforschung bakterieller ICEs erleichtert und von besonderem Interesse für Forscher in den breiten Bereichen der prokaryotischen Evolution, Pathogenese, Biotechnologie und Metabolismus sein wird. Die ICEberg-Datenbank wird regelmäßig gewartet, aktualisiert und verbessert, um ihre fortdauernde maximale Nützlichkeit für die Forschungsgemeinschaft sicherzustellen.