ClusPro: ein vollautomatisierter Algorithmus für Protein-Protein-Docking

ClusPro (http://nrc.bu.edu/cluster) ist das erste vollständig automatisierte, webbasierte Programm für das computergestützte Docking von Proteinstrukturen. Benutzer können die Koordinatendateien von zwei Proteinstrukturen über die Weboberfläche von ClusPro hochladen oder die PDB-Codes der jeweiligen Strukturen eingeben, die ClusPro dann vom PDB-Server (http:// www.rcsb.org/pdb/) herunterlädt. Die Docking-Algorithmen bewerten Milliarden von potenziellen Komplexen und behalten eine voreingestellte Anzahl mit günstigen Oberflächenkomplementaritäten. Eine Filtermethode wird dann auf dieses Set von Strukturen angewendet, um diejenigen mit guten elektrostatischen und Desolvation-Freien Energien auszuwählen für weiteres Clustering. Die Programmausgabe ist eine kurze Liste von potenziellen Komplexen, die nach ihren Clustering-Eigenschaften eingestuft sind und automatisch per E-Mail an den Benutzer zurückgesendet wird.