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Die biomolekulare Simulation ist ein vielfältiges und wachsendes Forschungsgebiet, das wichtige Beiträge zur strukturellen Biologie und pharmazeutischen Forschung leistet. Innerhalb der Gemeinschaft gibt es mehrere signifikante und weit verbreitete Softwarepakete, die in den letzten 20 oder mehr Jahren aus verschiedenen Forschungsgruppen hervorgegangen sind. Zum Beispiel die Molekulardynamik-Pakete AMBER. Da verschiedene Softwarepakete unabhängig entwickelt wurden, ist die Interoperabilität zwischen ihnen schlecht. Dies liegt größtenteils an erheblichen Unterschieden in den unterstützten Dateiformaten, was es schwierig macht, die Eingaben und Ausgaben eines Programms in ein anderes zu übersetzen. Infolgedessen lässt sich das Fachwissen in einem Paket nicht sofort auf ein anderes anwenden, was es schwierig macht, Methoden und Wissen zwischen verschiedenen Forschungscommunities auszutauschen, wie beispielsweise in einer aktuellen Studie zur Reproduzierbarkeit relativer Hydratationsfreienergien über Simulationspakete nachgewiesen wird. Das Problem wird durch die zunehmende Nutzung biomolekularer Simulationen als Komponenten größerer wissenschaftlicher Arbeitsabläufe für Bioengineering oder computerunterstützte Arzneimittelentwicklung verschärft. Ein Mangel an Interoperabilität führt zu brüchigen Workflows, schlechter Reproduzierbarkeit und einer Bindung an spezifische Software, die die Verbreitung biomolekularer Simulationsmethoden an andere Gemeinschaften behindert.
Hedges et al. (Fr,) haben diese Frage untersucht.