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Die Identifizierung von Genen und regulatorischen Elementen, die den durch GWAS entdeckten Assoziationen zugrunde liegen, ist entscheidend für das Verständnis der Ätiologie komplexer Merkmale (einschließlich Krankheiten). Hier demonstrieren wir ein analytisches Paradigma zur Priorisierung von Genen und regulatorischen Elementen an GWAS-Loci für nachfolgende funktionale Studien. Wir führen eine integrative Analyse durch, die Zusammenfassungsdaten von SNPs aus Multi-Omics-Studien verwendet, um DNA-Methylierungsstellen (DNAm) zu identifizieren, die mit Genexpression und Phänotyp durch gemeinsame genetische Effekte (d.h. Pleiotropie) assoziiert sind. Wir identifizieren pleiotrope Assoziationen zwischen 7858 DNAm-Stellen und 2733 Genen. Diese DNAm-Stellen sind in Enhancern und Promotoren angereichert, und >40 % davon sind auf distale Gene kartiert. Weitere pleiotrope Assoziationsanalysen, die sowohl das Methylom als auch das Transkriptom mit 12 komplexen Merkmalen verknüpfen, identifizieren 149 DNAm-Stellen und 66 Gene, was auf einen plausiblen Mechanismus hinweist, durch den der Effekt eines genetischen Variants auf den Phänotyp durch genetische Regulation der Transkription über DNAm vermittelt wird.
Wu et al. (Mon,) haben diese Frage untersucht.