Die Aminosäure-Rekodierung mit sechs Zuständen ist keine effektive Strategie zur Kompensation von kompositorischer Heterogenität und Sättigung in phylogenetischen Analysen

Strategien zur Rekodierung von Aminosäuren mit sechs Zuständen werden häufig angewendet, um die Auswirkungen von kompositorischer Heterogenität und Substitutionssättigung in phylogenetischen Analysen zu bekämpfen. Während diese Methoden aus theoretischer Perspektive befürwortet wurden, wurde ihre Leistung nie umfassend getestet. Hier testen wir die Wirksamkeit von Rekodierungsansätzen mit sechs Zuständen, indem wir die Leistung von Analysen auf rekodierten und nicht rekodierten Datensätzen vergleichen, die unter Gradienten kompositorischer Heterogenität oder Sättigung simuliert wurden. In unseren Simulationsanalysen übertreffen nicht-rekodierende Ansätze konsequent die Rekodierungsansätze mit sechs Zuständen. Unsere Ergebnisse legen nahe, dass Rekodierungsstrategien mit sechs Zuständen bei hoher Sättigung nicht effektiv sind. Darüber hinaus dämpfen Rekodierungsstrategien zwar die Auswirkungen von kompositorischer Heterogenität, der Informationsverlust, der mit der Rekodierung mit sechs Zuständen einhergeht, überwiegt deren Vorteile. Außerdem bewerten wir Rekodierungsschemata mit 9, 12, 15 und 18 Zuständen und zeigen, dass diese konsequent besser abschneiden als die Rekodierung mit sechs Zuständen. Unsere Analysen anderer Rekodierungsschemata legen nahe, dass es unter Bedingungen sehr hoher kompositorischer Heterogenität vorteilhaft sein kann, mehr als sechs Zustände anzuwenden, wir warnen jedoch, dass jede Rekodierung ausreichend begründet sein sollte. Unsere Ergebnisse haben wichtige Implikationen für die mehr als 90 veröffentlichten Arbeiten, die Rekodierungen mit sechs Zuständen enthalten, von denen viele erhebliche Auswirkungen auf die Beziehungen im Stammbaum des Lebens haben. Kompositorische Heterogenität; Dayhoff-Rekodierung mit sechs Zuständen; S-Rekodierung von Aminosäuren mit sechs Zuständen; Substitutionssättigung.