Vergleich von Formanpassung und Docking als virtuelle Screening-Tools

Das Ligand-Docking ist ein weit verbreiteter Ansatz im virtuellen Screening. In den letzten Jahren sind eine Vielzahl von Publikationen erschienen, in denen Docking-Tools verglichen und auf ihre Effektivität im virtuellen Screening gegen eine Vielzahl von Protein-Zielen bewertet werden. Diese Studien haben gezeigt, dass die Effektivität des Dockings im virtuellen Screening aufgrund einer Vielzahl möglicher Störfaktoren stark variabel ist. Eine weitere Methode, die im virtuellen Screening vielversprechend ist, ist der formbasierte, liganden-zentrierte Ansatz. Mehrere direkte Vergleiche von Docking mit dem formbasierten Tool ROCS wurden mithilfe von Datensätzen aus einigen dieser aktuellen Docking-Veröffentlichungen durchgeführt. Die Ergebnisse zeigen, dass ein formbasierter, liganden-zentrierter Ansatz konsistenter und oft überlegen ist im Vergleich zu dem protein-zentrierten Ansatz, den das Docking verfolgt.