Trypsin spaltet ausschließlich C-terminal von Arginin- und Lysin-Resten

Fast alle großangelegten Projekte in der massenspektrometriebasierten Proteomik verwenden Trypsin, um Proteinmischungen in besser analysierbare Peptidpopulationen umzuwandeln. Bei der Suche nach Peptidfragmentierungsspektren in Sequenzdatenbanken müssen potenziell übereinstimmende Peptidsequenzen der tryptischen Spezifität entsprechen, nämlich einer Spaltung ausschließlich C-terminal von Arginin oder Lysin. In vielen veröffentlichten Berichten werden jedoch signifikante Mengen an Proteinen, die durch nicht-tryptische Peptide identifiziert werden. Hier verwenden wir die Unterteile pro Million Massengenauigkeit eines neuen Ionentrappens Fourier-Transform-Massenspektrometers, um mehr als das 100-fache an Vertrauen in die Peptididentifikation im Vergleich zu typischen Ionentrappenexperimenten zu erreichen und zeigen, dass Trypsin ausschließlich C-terminal von Arginin und Lysin spaltet. Wir stellen fest, dass nicht-tryptische Peptide nur als C-terminale Peptide von Proteinen und als Zerfallsprodukte vollständiger tryptischer Peptide N-terminal zu einem internen Prolin vorkommen. Die Simulation einer geringeren Massengenauigkeit führte zu einer großen Anzahl von fälschlicherweise identifizierten Proteinen mit nicht-tryptischen Peptid-Hits. Unsere Ergebnisse weisen darauf hin, dass solche Peptid-Hits in früheren Studien erneut geprüft werden sollten und dass die Peptididentifikation auf strenger tryptischer Spezifität basieren sollte.