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Wir präsentieren TranslatorX, einen Webserver, der entwickelt wurde, um protein-kodierende Nukleotidsequenzen basierend auf ihren entsprechenden Aminosäureübersetzungen auszurichten. Viele Vergleiche zwischen biologischen Sequenzen (Nukleinsäuren und Proteinen) beinhalten die Erstellung von Mehrfachausrichtungen. Ausrichtungen stellen eine Aussage über die Homologie zwischen einzelnen Nukleotiden oder Aminosäuren innerhalb homologer Gene dar. Da protein-kodierende DNA-Sequenzen als Tripletts von Nukleotiden (Codons) evolvieren und bekannt ist, dass die Ähnlichkeit der Sequenzen schneller auf der DNA- als auf der Aminosäureebene abnimmt, sind Ausrichtungen im Allgemeinen genauer, wenn sie auf Aminosäuren basieren als auf ihren entsprechenden Nukleotiden. Neuheiten von TranslatorX umfassen: (i) Verwendung aller dokumentierten genetischen Codes und die Möglichkeit, verschiedene genetische Codes für jede Sequenz zuzuweisen; (ii) ein Batterie von verschiedenen Programmen für Mehrfachausrichtungen; (iii) Übersetzung von mehrdeutigen Codons, wenn möglich; (iv) ein innovatives Kriterium zur Bereinigung von Nukleotid-Ausrichtungen mit GBlocks basierend auf Proteininformationen; und (v) ein reichhaltiger Output, einschließlich einer grafischen Visualisierung der Ausrichtungen, die von Jalview unterstützt wird, codon-basierte Ausrichtungen, die nach den entsprechenden Aminosäuren eingefärbt sind, Maße für Zusammensetzungsbias und spezifische Ausrichtungen für die erste, zweite und dritte Codon-Position. Der TranslatorX-Server ist frei verfügbar unter http://translatorx.co.uk.
Abascal et al. (Fri,) untersuchten diese Frage.