Genomweite Analyse des mRNA-Abbaus in ruhenden und aktivierten primären humanen T-Lymphozyten

Wir verwendeten Mikroarray-Technologie, um die mRNA-Abbauraten in ruhenden und aktivierten T-Lymphozyten zu messen, um die Rolle des mRNA-Abbaus bei der Regulierung der Genexpression besser zu verstehen. Gereinigte menschliche T-Lymphozyten wurden 3 Stunden lang nur mit Medium, mit einem Anti-CD3-Antikörper oder mit einer Kombination aus Anti-CD3- und Anti-CD28-Antikörpern stimuliert. Aktinomycin D wurde hinzugefügt, um die Transkription zu stoppen, und die gesamte zelluläre RNA wurde zu bestimmten Zeitpunkten über einen Zeitraum von 2 Stunden gesammelt. RNA von jedem Punkt wurde mit Hilfe von Affymetrix-Oligonukleotid-Arrays analysiert und ein Modell ersten Grades wurde verwendet, um die Halbwertszeiten von etwa 6000 exprimierten Transkripten zu bestimmen. Wir identifizierten Hunderte von kurzlebigen Transkripten, die wichtige regulatorische Proteine kodieren, darunter Zytokine, Zelloberflächenrezeptoren, Signaltransduktionsregulatoren, Transkriptionsfaktoren, Zellzyklusregulatoren und Apoptoseregulatoren. Etwa 100 dieser kurzlebigen Transkripte enthielten ARE-ähnliche Sequenzen. Wir identifizierten auch zahlreiche Transkripte, die stimulusabhängige Veränderungen im mRNA-Abbau zeigten. Insbesondere identifizierten wir Hunderte von Transkripten, deren steady-state Level nach der T-Zell-Aktivierung unterdrückt wurden und die entweder im ruhenden Zustand instabil oder nach der Zellaktivierung destabilisiert waren. Daher scheint der schnelle mRNA-Abbau ein wichtiger Mechanismus zu sein, um die Genexpression auf aktivierungsabhängige Weise auszuschalten.