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Spezifische, end-markierte DNA-Fragmente können einfach und schnell mit Hilfe der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) hergestellt werden. Solche Fragmente sind geeignet für DNase I Schutz-Fußabdruck-Assays, chemische Sequenzierungsreaktionen und zur Produktion und Analyse von pausierten RNA-Polymerase-Transkriptionskomplexen. Darüber hinaus wird ein allgemeines Verfahren beschrieben, um eine spezifische Mutation an beliebiger Stelle der Länge solcher PCR-generierten Fragmente einzuführen. Diese Verfahren, die die Notwendigkeit großer Phagen- oder Plasmidwachstumsumgebungen, präparative Gelfraktionierung und das Screening molekularer Klone umgehen können, erleichtern die schnelle Untersuchung von sequenzspezifischen Interaktionen zwischen Proteinen und DNA. Ein schnelles Verfahren zum Entfernen überschüssiger Oligonukleotid-Primer aus abgeschlossenen PCRs wird ebenfalls beschrieben.
Higuchi et al. (Fri.) untersuchten diese Frage.