Schätzung der paarweisen Identität durch Abstammung aus dichten genetischen Markerdaten in einer Stichprobe von Haplotypen

Zusammenfassung Ich präsentiere einen neuen Ansatz zur Berechnung der Wahrscheinlichkeiten für die Identität durch Abstammung für Paare von Haplotypen. Der Ansatz basiert auf einem gemeinsamen verborgenen Markov-Modell für Haplotypfrequenzen und Identität durch Abstammung (IBD). Dieses Modell ermöglicht Kopplungsungleichgewicht, und die Methode kann auf sehr dichte Markerdaten angewendet werden. Die Methode hat eine hohe Leistungsfähigkeit zur Erkennung von IBD-Strecken genetischer Länge von 1 cM, bei Verwendung ausreichend dichter Marker. Dies ermöglicht die Erkennung von paarweiser IBD zwischen Haplotypen von Individuen, deren letzter gemeinsamer Vorfahre bis zu 50 Generationen zurücklebte.