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In einem typischen Shotgun-Proteomik-Experiment bleiben eine signifikante Anzahl hochwertiger MS/MS-Spektren "nicht zugewiesen." Der Hauptfokus dieser Arbeit liegt darauf, unser Verständnis der verschiedenen Quellen nicht zugewiesener hochwertiger Spektren zu verbessern. Um dies zu erreichen, haben wir einen iterativen rechnerischen Ansatz entwickelt, um die Befragung von MS/MS-Daten effizienter zu gestalten. Die Methode umfasst mehrere Phasen der Datenbanksuche mit unterschiedlichen Suchparametern, die Suche in Spektralbibliotheken, die blinde Suche nach modifizierten Peptiden und die Suche in genomischen Datenbanken. Die Methode wird auf einen großen, öffentlich verfügbaren Shotgun-Proteomik-Datensatz angewendet.
Ning et al. (Fr,) haben diese Frage untersucht.