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Wir haben die Mutationserkennungstechnologie, die in Targeting Induced Local Lesions in Genomes (TILLING) verwendet wird, zur Entdeckung von Polymorphismen in natürlichen Populationen angepasst. Das genomische DNA eines abgefragten Individuums wird mit einer Referenz-DNA gemischt und verwendet, um eine Zielregion von 1 kbp DNA mit asymmetrisch markierten fluoreszierenden Primern zu amplifizieren. Nach dem Erhitzen und Anlagern werden Heteroduplexe an mismatched Stellen durch die Endonuklease CEL I geschnitten, und die geschnittenen Stränge werden unter Verwendung von Li-cor-Gelanalysatoren visualisiert. Mögliche Polymorphismen, die in einem Fluoreszenzkanal erkannt werden, können durch das Erscheinen des gegenläufigen geschnittenen Strangs im anderen Kanal verifiziert werden. Wir haben die Effizienz dieser Technologie, die Ecotilling genannt wird, durch die Entdeckung von 55 Haplotypen in über 150 Individuen in fünf Genen demonstriert, die von Sequenzen reichen, die sich durch ein einzelnes Nukleotidpolymorphismus unterscheiden, bis hin zu komplexen Haplotypen. Die entdeckten Polymorphismen wurden durch Sequenzierung bestätigt und umfassten Basenpaaränderungen, kleine Einsprengsel und Deletionen sowie Variation in der Anzahl der Mikrosatellitenwiederholungen. Ecotilling ermöglicht die schnelle Erkennung von Variation in vielen Individuen und ist kosteneffektiv, da nur ein Individuum für jeden Haplotyp sequenziert werden muss. Die Technologie ist auf alle Organismen anwendbar, einschließlich solcher, die heterozygot und polyploid sind.
Comai et al. (Tue,) haben diese Frage untersucht.