Verwendung von 16S rRNA-Gen-zielgerichteten gruppenspezifischen Primern für die Real-Time-PCR-Analyse von vorherrschenden Bakterien in menschlichen Fäkalien

16S rRNA-Gen-zielgerichtete gruppenspezifische Primer wurden entworfen und validiert für die spezifische Erkennung und Quantifizierung der Clostridium leptum-Untergruppe und des Atopobium-Clusters. Um die vorherrschenden Bakterien in menschlichen Fäkalien durch Real-Time-PCR zu überwachen, verwendeten wir diese spezifischen Primer zusammen mit vier Sätzen von gruppenspezifischen Primern für die Clostridium coccoides-Gruppe, die Bacteroides fragilis-Gruppe, Bifidobacterium und Prevotella, die in einer früheren Studie entwickelt wurden (T. Matsuki, K. Watanabe, J. Fujimoto, Y. Miyamoto, T. Takada, K. Matsumoto, H. Oyaizu und R. Tanaka, Appl. Environ. Microbiol. 68:5445-5451, 2002). Die Untersuchung von DNA, die aus den Fäkalien von 46 gesunden Erwachsenen extrahiert wurde, zeigte, dass die C. coccoides-Gruppe in den größten Mengen vorhanden war (log10 10.3 +/- 0.3 Zellen pro g frisches Gewicht Durchschnitt +/- Standardabweichung), gefolgt von der C. leptum-Untergruppe (log10 9.9 +/- 0.7 Zellen pro g frisches Gewicht), der B. fragilis-Gruppe (log10 9.9 +/- 0.3 Zellen pro g frisches Gewicht), Bifidobacterium (log10 9.4 +/- 0.7 Zellen pro g frisches Gewicht) und dem Atopobium-Cluster (log10 9.3 +/- 0.7 Zellen pro g frisches Gewicht). Diese fünf bakteriellen Gruppen wurden bei allen 46 Freiwilligen nachgewiesen. Prevotella wurde nur bei 46% der Probanden auf einem Niveau von log10 9.7 +/- 0.8 Zellen pro g (frisches Gewicht) gefunden. Die Untersuchung der Veränderungen in der Population und der Zusammensetzung der intestinalen Flora bei sechs gesunden Erwachsenen über einen Zeitraum von 8 Monaten zeigte, dass die Zusammensetzung der Flora jedes Freiwilligen während des Testzeitraums stabil blieb.