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Die Rfam-Datenbank, ein weit verbreitetes Repository für nicht-codierende RNA-Familien, hat in Version 15.0 wesentliche Aktualisierungen erfahren. Dieser Artikel stellt bedeutende Verbesserungen vor, einschließlich der Erweiterung von Rfamseq auf 26.106 Genome, was einem Anstieg von 76 % entspricht, und der Einbeziehung der neuesten UniProt-Referenzproteome sowie zusätzlicher viraler Genome. Fünfundsechzig RNA-Familien wurden mithilfe experimentell bestimmter 3D-Strukturen verbessert, was die Genauigkeit der konsensuellen Sekundärstrukturen und Annotationen erhöht. Die R-scape-Kovariationsanalyse wurde verwendet, um strukturelle Vorhersagen in 26 Familien zu verfeinern. Die Gene Ontology (GO) und Sequence Ontology Annotationen wurden umfassend aktualisiert, wodurch die GO-Begriffabdeckung auf 75 % der Familien erhöht wurde. Das Release fügt 14 neue RNA-Familien des Hepatitis-C-Virus hinzu und vervollständigt die Synchronisation der microRNA-Familien mit miRBase, was zu 1.603 microRNA-Familien führt. Neue Datentypen, einschließlich vollständiger Alignments, wurden implementiert. Die Integration mit APICURON für eine verbesserte Kuratoren-Zuordnung und mehrere Verbesserungen der Website tragen weiter zur Benutzererfahrung bei. Diese Aktualisierungen erweitern die Abdeckung von Rfam erheblich und verbessern die Qualität der Annotationen, was seine wesentliche Rolle in der RNA-Forschung, der Genomannotation und der Entwicklung von Modellen des maschinellen Lernens unterstreicht. Rfam ist kostenlos verfügbar unter https://rfam.org.
Ontiveros‐Palacios et al. (Mon,) haben diese Frage untersucht.
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