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Eine Vielzahl algorithmischer Assemblierer wurde für die de novo Assemblierung von Genomen vorgeschlagen, jedoch garantiert kein einzelner Assemblierer die optimale Assemblierung für verschiedene Arten. Die Optimierung verschiedener Parameter in einem Assemblierer wird häufig durchgeführt, um die optimalste Assemblierung zu generieren. Dennoch wurden nur wenige Anstrengungen unternommen, um mehrere Assemblierungen zu nutzen, um eine Assemblierung mit hoher Genauigkeit zu erzielen. In dieser Studie verwenden wir verschiedene hochmoderne Assemblierer, um unterschiedliche Sätze von Contigs für bakterielle Genome zu generieren. Ein Werkzeug namens CISA wurde entwickelt, um die Assemblierungen in einen hybriden Satz von Contigs zu integrieren, was zu Assemblierungen mit überlegener Kontinuität und Genauigkeit führt, im Vergleich zu den von den hochmodernen Assemblierern generierten Assemblierungen und den hybriden Assemblierungen, die von bestehenden Tools zusammengeführt wurden. Dieses Werkzeug ist in Python implementiert und erfordert die Installation von MUMmer und BLAST+ auf dem lokalen Computer. Der Quellcode von CISA und Beispiele für seine Verwendung sind verfügbar unter http://sb.nhri.org.tw/CISA/.
Lin et al. (Thu,) haben diese Frage untersucht.
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