CAFE: aCcelerated Alignment-FrEe Sequenzanalyse

Alignmentsfreie Vergleiche von Genomen und Metagenomen sind mit der Entwicklung von Next Generation Sequencing (NGS) Technologien zunehmend wichtig. Neu entwickelte, moderne k-mer basierte, alignmentsfreie Dissimilaritätsmaße, einschließlich CVTree, d₂^* und d₂S, sind rechnerisch aufwendiger als ausschließlich auf den k-mer Frequenzen basierende Maße. Hier berichten wir von einer eigenständigen Software, aCcelerated Alignment-FrEe Sequenzanalyse (CAFE), zur effizienten Berechnung von 28 alignmentsfreien Dissimilaritätsmaßen. CAFE ermöglicht sowohl für assemblierte Genomsequenzen als auch für nicht assemblierte NGS Shotgun-Lesungen als Eingabe und gibt die Ausgaben im Standard-PHYLIP-Format aus. In nachgelagerten Analysen kann CAFE auch verwendet werden, um die paarweisen Dissimilaritätsmaße zu visualisieren, einschließlich Dendrogrammen, Heatmaps, Hauptkoordinatenanalyse und Netzwerkausgaben. CAFE dient als Plattform für allgemeine k-mer basierte, alignmentsfreie Analysen zur Untersuchung von Beziehungen zwischen Genomen und Metagenomen und ist kostenlos verfügbar unter https://github.com/younglululu/CAFE.