Lokalisation von T-Zell-Klonotypen mit der Visium-Plattform für räumliche Transkriptomik

Wir präsentieren ein Protokoll zur Lokalisierung von T-Zell-Rezeptor-Clonen unter Verwendung der Visium-Plattform für räumliche Transkriptomik. Dieser Ansatz ermöglicht die gleichzeitige Lokalisierung von Genexpressions- und T-Zell-Klonotypen in situ innerhalb von Gewebeschnitten. Die durch dieses Protokoll identifizierten T-Zell-Rezeptor-Sequenzen werden durch Einzelzell-Sequenzierung leicht rekapituliert. Diese Technik ermöglicht detaillierte Studien zur räumlichen Organisation des menschlichen T-Zell-Repertoires, wie z. B. die Lokalisierung von infiltrierenden T-Zell-Klonen im Tumormikroumfeld. Für vollständige Informationen zur Anwendung und Durchführung dieses Protokolls verweisen wir auf Sudmeier et al. (2022).