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Die Proteinquantifizierung im proteomweiten Maßstab ist ein wichtiges Ziel, das Einblicke in die grundlegende Zellbiologie ermöglicht und dient dazu, Experimente und theoretische Modelle einzugrenzen. Während die proteomweite Quantifizierung noch nicht vollständig routinemäßig ist, werden viele Datensätze, die sich der proteomweiten Abdeckung nähern, durch biophysikalische und MS-Techniken verfügbar. Daten dieser Art können über verschiedene Quellen, einschließlich Publikationssupplementen und Online-Datenbanken, abgerufen werden. Der Zugang zu den Daten ist jedoch nach wie vor fragmentarisch, und Vergleiche zwischen Experimenten und Organismen sind nicht trivial. Hier beschreiben wir aktuelle Updates zu unserer Datenbankressource "PaxDb" (Proteinabundanzen über Organismen hinweg). PaxDb konzentriert sich auf Informationen zur Proteinabundanz im proteomweiten Rahmen, unabhängig von der zugrunde liegenden Messtechnik. Quantifizierungsdaten werden neu verarbeitet, vereinheitlicht und qualitätsbewertet und dann integriert, um eine Meta-Ressource aufzubauen. PaxDb ermöglicht auch evolutionäre Vergleiche durch vorkonfigurierte Genorthologieverhältnisse. Kürzlich haben wir den Umfang der Datenbank erweitert, um Zelllinienproben einzuschließen und systematischer in der Literatur nach geeigneten Datensätzen zu scannen. Wir berichten, dass ein erheblicher Anteil der veröffentlichten Experimente nicht leicht zugänglich ist und/oder nicht für quantitative Informationen ausgewertet werden kann, was zusätzliche Schritte und Anstrengungen erfordert. Das aktuelle Update bringt PaxDb auf 414 Datensätze in 53 Organismen, mit (semi-)quantitativen Abundanzinformationen, die mehr als 300.000 Proteine abdecken.
Wang et al. (Do,) haben diese Frage untersucht.