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HINTERGRUND: Solenoid-Wiederholungsproteine der Tetratrico-Peptid-Wiederholungsfamilie (TPR) fungieren als Gerüste in einer breiten Palette von Protein-Protein-Interaktionen. Es stehen mehrere Ressourcen zur Verfügung, um TPRs vorherzusagen; jedoch scheitern sie oft daran, abweichende Wiederholungseinheiten zu erkennen. ERGEBNISSE: Wir haben TPRpred entwickelt, eine profilbasierte Methode, die einen P-Wert-abhängigen Score-Offset verwendet, um abweichende Wiederholungseinheiten einzuschließen und die Tendenz der Wiederholungen auszunutzen, in Tandem aufzutreten. TPRpred erkennt nicht nur TPR-ähnliche Wiederholungen, sondern auch die verwandten Pentatrico-Peptid-Wiederholungen (PPRs) und SEL1-ähnliche Wiederholungen. Die entsprechenden Profile wurden durch iterative Suchen erstellt, indem die Schwelleneinstellungen zur Einbeziehung von Wiederholungseinheiten in die Profile variiert wurden, und die besten Profile wurden basierend auf ihrer Leistung bei Proteinen mit bekannter Struktur ausgewählt. Wir haben die Leistung von TPRpred bei der Erkennung von TPR-haltigen Proteinen und beim Abgrenzen der einzelnen Wiederholungen darin im Vergleich zu derzeit verfügbaren Ressourcen bewertet. SCHLUSSFOLGERUNG: TPRpred schneidet signifikant besser bei der Erkennung abweichender Wiederholungen in TPR-haltigen Proteinen ab und findet mehr individuelle Wiederholungen als die bestehenden Methoden. Der Webserver ist unter http://tprpred.tuebingen.mpg.de verfügbar, und die C++- und Perl-Quellen von TPRpred sowie die Profile können von ftp://ftp.tuebingen.mpg.de/ebio/protevo/TPRpred/ heruntergeladen werden.
Karpenahalli et al. (Mi,) untersuchten diese Frage.