PRIDE Inspector Toolsuite: Auf dem Weg zu einem universellen Visualisierungstool für Standardsformate von Proteomikdaten und Qualitätsbewertung von ProteomeXchange-Datensätzen

Das ursprüngliche PRIDE Inspector-Tool wurde als Open-Source-Standalone-Tool entwickelt, um die Visualisierung und Validierung von massenspektrometrie (MS)-basierten Proteomikdaten vor der Dateneinreichung oder bereits öffentlich verfügbar in der Datenbank für Proteomik-Identifikationen (PRIDE) zu ermöglichen. Die ursprüngliche Implementierung des Tools konzentrierte sich auf die Visualisierung von PRIDE-Daten, indem das PRIDE-XML-Format und der direkte Zugriff auf private (passwortgeschützte) und öffentliche Experimente in PRIDE unterstützt wurden. Das ProteomeXchange (PX) Konsortium wurde gegründet, um eine bessere Integration bestehender öffentlicher Proteomik-Repositorys zu ermöglichen und den Nutzen für die wissenschaftliche Gemeinschaft durch die Implementierung standardisierter Einreichungs- und Verbreitungspipelines zu maximieren. Innerhalb des Konsortiums konzentriert sich PRIDE auf die Unterstützung von Einreichungen von Tandem-MS-Daten. Die zunehmende Nutzung und Beliebtheit der neuen Datenstandards der Proteomics Standards Initiative (PSI) wie mzIdentML und mzTab sowie die Vielfalt der Workflows, die von den PX-Ressourcen unterstützt werden, veranlassten uns, eine neue Suite von Algorithmen und Bibliotheken zu entwerfen und zu implementieren, die auf dem Erfolg des ursprünglichen PRIDE Inspector aufbauen und es den Benutzern ermöglichen würden, PX "vollständige" Einreichungen zu visualisieren und zu validieren. Die PRIDE Inspector Toolsuite unterstützt die Handhabung und Visualisierung verschiedener experimenteller Ausgabedateien, die von Spektren (mzML, mzXML und den beliebtesten Peaklistenformaten) und Peptid- und Proteinidentifikationsergebnissen (mzIdentML, PRIDE XML, mzTab) bis hin zu Quantifizierungsdaten (mzTab, PRIDE XML) reichen, und verwendet eine modulare und erweiterbare Sammlung von Open-Source-, plattformübergreifenden Bibliotheken. Wir glauben, dass die PRIDE Inspector Toolsuite einen Meilenstein in der Visualisierung und Qualitätsbewertung von Proteomikdaten darstellt. Sie ist kostenlos verfügbar unter http://github.com/PRIDE-Toolsuite/.