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Für fast 50 Arten von Mykoplasmen und ihren wändigen Verwandten wurden rRNA-Sequenzen der kleinen Untereinheit bestimmt, was die Grundlage für eine phylogenetische systematische Analyse dieser Organismen bildet. Fünf Gruppen von Mykoplasmen per se wurden erkannt (vorläufige Namen sind angegeben): die Hominis-Gruppe (zu der Arten wie Mycoplasma hominis, Mycoplasma lipophilum, Mycoplasma pulmonis und Mycoplasma neurolyticum gehören), die Pneumoniae-Gruppe (zu der Arten wie Mycoplasma pneumoniae und Mycoplasma muris gehören), die Spiroplasma-Gruppe (zu der Arten wie Mycoplasma mycoides, Spiroplasma citri und Spiroplasma apis gehören), die Anaeroplasma-Gruppe (die die Anaeroplasmen und Acholeplasmen umfasst) und eine Gruppe, die bekannt dafür ist, nur die isolierte Art Asteroleplasma anaerobium zu enthalten. Neben diesen fünf Mykoplasma-Gruppen wurde auch eine sechste Gruppe von unterschiedlich benannten gram-positiven, wandhaltigen Organismen (zu der Lactobacillen, Clostridien und andere Organismen gehören) in die gesamte phylogenetische Einheit einbezogen. In jeder dieser sechs Hauptgruppen wurden Untergruppen leicht erkannt und definiert. Obwohl die phylogenetischen Einheiten, die durch rRNA-Vergleiche identifiziert wurden, auf Basis von gegenseitig ausschließenden phänotypischen Merkmalen allein schwer zu erkennen sind, kann für eine Reihe von ihnen a posteriori eine phänotypische Rechtfertigung gegeben werden.
Weisburg et al. (Fri,) untersuchten diese Frage.