Selektive Kolonisierung unlöslicher Substrate durch menschliche fäkale Bakterien

Zusammenfassung Unlösliche pflanzliche Polysaccharide und endogene Mucin sind wichtige Energiequellen für menschliche mikrobiota im Dickdarm. Ziel dieser Studie war es zu bestimmen, ob spezifische Gemeinschaften diese Substrate kolonisieren. Mit fäkalen Proben von vier Personen als Inokula für ein anaerobes In-vitro-Durchfluss-System wurde die Kolonisierung von Weizenkleie, hochamylosichem Stärke und porzinem Mucin untersucht. Die wiedergewonnenen Substrate wurden gründlich gewaschen und die verbleibenden fest angehefteten bakteriellen Gemeinschaften wurden mittels polymerase chain reaction-verstärkter 16S rRNA-Gen-Sequenzen und fluoreszierender in situ-Hybridisierung identifiziert. Das Substrat hatte einen wesentlichen Einfluss auf die Arten der detektierten angehefteten Bakterien. Die aus Kleie zurückgewonnenen Sequenzen wurden dominiert von clostridialem Cluster XIVa, einschließlich ungezüchteter Verwandter von Clostridium hathewayi, Eubacterium rectale und Roseburia-Spezies. Bacteroides-Spezies wurden ebenfalls nachgewiesen. Die am häufigsten aus Stärke zurückgewonnenen Sequenzen standen in Beziehung zu den kultivierten Arten Ruminococcus bromii, Bifidobacterium adolescentis, Bifidobacterium breve und E. rectale. Die am häufigsten aus Mucin zurückgewonnenen Sequenzen stammten von Bifidobacterium bifidum und ungezüchteten Bakterien, die mit Ruminococcus lactaris verwandt sind. Diese Studie legt nahe, dass eine spezifische Untergruppe von Bakterien wahrscheinlich die primären Kolonisten bestimmter unlöslicher kolikaler Substrate ist. Für ein gegebenes Substrat können jedoch die primär kolonisierten Arten zwischen den Wirtsindividuen variieren.