Quantifizierung des Referenzausrichtungsbias in funktionellen Genomikanalysen

Beim Ausrichten von Next-Generation-Sequencing-(NGS-)Reads an ein Referenzgenom führen Unterschiede zwischen dem tatsächlichen Genom der untersuchten Person und der Referenz zu einer verzerrten Interpretation der ausgerichteten Daten durch systematische Fehler, bekannt als Referenzausrichtungsbias (RAB). Das Ausmaß, in dem RAB funktionelle Ergebnisse beeinflusst, wurde bisher nicht gründlich quantifiziert. Unter Nutzung der Ressourcen des Human Pangenome Reference Consortium quantifizieren wir hier RAB in funktionellen Genomik-Assays. Unsere Ergebnisse zeigen, dass im Durchschnitt 0,2 % des Genoms beim RNA-Sequencing (RNA-seq), 1 % bei ATAC-seq und 3 % bei Whole-Genome-Bisulfit-Sequenzierung (WGBS) bei Verwendung der menschlichen Referenz hg38 für Bias anfällig sind. Unsere Studie quantifiziert die Wirkung von RAB auf funktionelle Assays und unterstreicht die Bedeutung der Verwendung eines angemessen repräsentativen Referenzgenoms.