Key points are not available for this paper at this time.
Wir präsentieren PACKMOL-Memgen, einen einfach zu verwendenden, generalisierten Workflow für den automatischen Aufbau von Membran-Protein-Lipid-Doppelschichtsystemen basierend auf Open-Source-Tools wie Packmol, memembed, pdbremix und AmberTools. Im Vergleich zu webbasierten, verwandten Tools ermöglicht PACKMOL-Memgen die Einrichtung mehrerer Konfigurationen eines Systems auf benutzerfreundliche und effiziente Weise innerhalb von Minuten. Die erzeugten Systeme sind gut gepackt und damit gut geeignet als Ausgangskonfigurationen in MD-Simulationen unter periodischen Randbedingungen, was nur moderate Gleichgewichtungszeiten erfordert. PACKMOL-Memgen wird mit AmberTools vertrieben und läuft auf den meisten Rechenplattformen, und seine Ausgaben können auch für CHARMM verwendet oder an andere molekulare Simulationspakete angepasst werden.
Schott‐Verdugo et al. (Do,) untersuchten diese Frage.