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MOTIVATION: Mit den rasant zunehmenden Volumina biologischer Sequenzdaten stellt die funktionale Analyse neuer Sequenzen in Bezug auf Ähnlichkeiten zu bekannten Proteinfamilien eine Herausforderung für die klassische Bioinformatik dar. ERGEBNISSE: Die ultrafast Protein Klassifikation (UProC) Toolbox implementiert einen neuartigen Algorithmus ('Mosaic Matching') zur Analyse großer Sequenzen. UProC ist um drei Größenordnungen schneller als profilbasierte Methoden und erreichte in einer Metagenom-Simulationsstudie bis zu 80% höhere Sensitivität bei ungeordneten 100 bp Reads. VERFÜGBARKEIT UND IMPLEMENTIERUNG: UProC ist als Open-Source-Software verfügbar unter https://github.com/gobics/uproc. Vorgefertigte Datenbanken (Pfam) sind auf der UProC-Homepage verlinkt: http://uproc.gobics.de/. KONTAKT: peter@gobics.de. ZUSÄTZLICHE INFORMATIONEN: Zusätzliche Daten sind online bei Bioinformatics verfügbar.
Peter Meinicke (Di,) untersuchte diese Frage.
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