Die TIGR-Gene-Indizes: Rekonstruktion und Darstellung exprimierter Genesequenzen

Exprimierte Sequenz-Tags (ESTs) haben einen ersten Einblick in die Sammlung transkribierter Sequenzen in einer Vielzahl von Organismen gegeben. Eine sorgfältige Analyse dieser Sequenzdaten kann jedoch erheblich zusätzliche funktionale, strukturelle und evolutionäre Informationen liefern. Unsere Analyse der öffentlichen EST-Sequenzen, die über die TIGR-Gene-Indizes (TGI; http://www.tigr.org/tdb/tdb.html) verfügbar sind, ist ein Versuch, die durch diese Daten dargestellten Gene zu identifizieren und zusätzliche Informationen über diese Gene bereitzustellen. Gene-Indizes werden für ausgewählte Organismen erstellt, indem zuerst gruppiert und dann EST- und annotierte Genesequenzen aus GenBank zusammengefügt werden. Dieser Prozess erzeugt eine Reihe von einzigartigen, hochgenauen virtuellen Transkripten oder vorläufigen Konsenssequenzen (TC). Die TC-Sequenzen können verwendet werden, um potenzielle Gene mit funktionaler Annotation bereitzustellen, um die Transkripte mit Mapping- und genomischen Sequenzdaten zu verknüpfen und um Links zwischen orthologen und paralogen Genen bereitzustellen.