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Der Outgroup-Substitutionsansatz kann verwendet werden, wenn eine gut untermauerte Hypothese über die umfassenderen kladistischen Beziehungen einer Studiengruppe nicht verfügbar ist. Er ist besonders geeignet, wenn die Menge der Outgroups, von denen jede plausibel die Schwestergruppe sein könnte, einige umfasst, die nur entfernt mit anderen verwandt sein könnten. Alle plausiblen Schwestergruppen werden als Outgroups verwendet, sowohl allein als auch in verschiedenen Anordnungen, um die Polarität der Merkmale zu bewerten. In jedem Fall wird ein Ingroup-Kladogramm konstruiert und diese auf Bereiche der Übereinstimmung untersucht. Durch diesen Ansatz können robuste phylogenetische Hypothesen generiert werden, trotz unsicherer Outgroup-Beziehungen. Vorsicht ist geboten, da die Polaritätsbewertung empfindlich auf die genaue Anordnung der Outgroups reagiert. Selbst wenn völlig übereinstimmende Kladogramme erzielt werden, kann es unmöglich sein, die Unterstützung von Merkmalen für bestimmte Kladen anzugeben. Der Ansatz kann am nützlichsten sein, wenn das primäre Ziel darin besteht, eine Outgroup-Hypothese für eine anschließende kladistische Analyse auf einer niedrigeren taxonomischen Ebene zu etablieren.
Donoghue et al. (Sun,) untersuchten diese Frage.
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