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Die Bewertung der Interaktionen von Proteinrezeptoren mit kleinen Liganden ist mittlerweile Teil der Standardpipeline für die Arzneimittelentdeckung, und es wurden zahlreiche Werkzeuge und Protokolle zu diesem Zweck entwickelt. Mit dem SeamDock-Webserver schlagen wir einen neuen Ansatz vor, um den Zugang zum Molekulardocking für Nichtspezialisten, einschließlich Studenten, zu erleichtern. Der SeamDock-Onlinedienst integriert verschiedene Docking-Tools in einen gemeinsamen Rahmen, der ein globales und/oder lokales Docking von Liganden sowie einen hierarchischen Ansatz zur einfachen Identifizierung von Interaktionsstellen ermöglicht. Dieser Dienst erfordert keine fortgeschrittenen Computerkenntnisse und funktioniert ohne die Installation von Programmen, mit Ausnahme eines gängigen Webbrowsers. Die Verwendung des nahtlosen Rahmens, der den RPBS-Berechnungsserver mit dem Browser des Benutzers verbindet, ermöglicht es dem Benutzer, auf der SeamDock-Webseite reibungslos und interaktiv zu navigieren. Ein erheblicher Aufwand wurde in die 3D-Visualisierung von Liganden, Rezeptoren und Docking-Posen sowie deren Interaktionen mit dem Rezeptor investiert. Die fortschrittlichen Visualisierungsfunktionen, kombiniert mit der nahtlosen Bibliothek, erlauben es einem Benutzer, eine Docking-Sitzung und deren vollständige Visualisierungszustände mit einer unbegrenzten Anzahl von Mitarbeitern zu teilen. Daher kann SeamDock als eine kostenlose, einfache, didaktische und sich weiterentwickelnde Online-Docking-Ressource betrachtet werden, die am besten für Bildung und Training geeignet ist.
Murail et al. (Fr,) haben diese Frage untersucht.