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RNA-basierte Next-Generation-Sequenzierung (RNA-Seq) liefert eine enorme Menge an neuen Informationen über Gen- und Transkriptstrukturen, Ausdruck und Regulation. Dies gilt insbesondere für nicht-kodierende RNAs, bei denen umfassende Transkriptomanalysen gezeigt haben, dass ein großer Teil des Genoms transkribiert wird und viele nicht-kodierende Transkripte weitreichende Funktionalität aufweisen. Allerdings sind einheitliche Ressourcen für rohe, gereinigte und verarbeitete RNA-Seq-Daten für die meisten Organismen spärlich vorhanden, was insbesondere für nicht-menschliche Primaten (NHPs) zutrifft. Hier beschreiben wir eine umfassende RNA-Seq-Daten- und Analyseinfrastruktur, die NHP-Referenztranskriptomressource (http://nhprtr.org); sie beherbergt derzeit Daten von 12 Arten von Primaten, die auf 15 Arten/Unterarten erweitert werden sollen, einschließlich der großen Menschenaffen, Altweltaffen, Neuweltaffen und Lemuren. Daten werden für jede Art unter Verwendung von Pools von RNA aus vergleichbaren Geweben gesammelt. Wir bieten den Datenzugang vor ihrer Ablage in NCBI sowie durchsuchbare Tracks von Alignments gegen das menschliche Genom unter Verwendung des UCSC-Genom-Browsers. Diese Ressource wird weiterhin zusätzliche RNA-Seq-Daten, Alignments und Assemblierungen hosten, sobald sie in den kommenden Jahren generiert werden, und stellt eine wichtige Ressource für die Annotation von NHP-Genomen dar sowie zur Information über Primatenstudien zu Evolution, Fortpflanzung, Infektion, Immunität und Pharmakologie.
Pipes et al. (Thu,) haben diese Frage untersucht.