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Die MetaCyc-Datenbank (MetaCyc.org) ist eine frei zugängliche umfassende Datenbank, die Stoffwechselwege und Enzyme aus allen Lebensbereichen beschreibt. Die Mehrheit der MetaCyc-Wege sind kleine Molekül-Stoffwechselwege, die experimentell bestimmt wurden. MetaCyc enthält mehr als 2400 Wege, die aus über 46.000 Publikationen abgeleitet sind, und ist die größte kuratierte Sammlung von Stoffwechselwegen. BioCyc (BioCyc.org) ist eine Sammlung von 5700 organismspezifischen Pathway/Genom-Datenbanken (PGDBs), von denen jede das vollständige Genom und das vorhergesagte Stoffwechselnetzwerk eines Organismus enthält, einschließlich Metaboliten, Enzymen, Reaktionen, Stoffwechselwegen, vorhergesagten Operons, Transportsystemen und Wegfüller. Die BioCyc-Website bietet eine Vielzahl von Werkzeugen zum Abfragen und Analysieren von PGDBs, einschließlich Omics Viewers und Werkzeugen für vergleichende Analysen. Dieser Artikel liefert ein Update zu neuen Entwicklungen in MetaCyc und BioCyc in den letzten zwei Jahren, einschließlich der Hinzufügung von Gibbs-freien Energiewerten für Verbindungen und Reaktionen; Neugestaltung der Hauptseite für Gene/Proteine; Hinzufügung eines Werkzeugs zur Erstellung von Diagrammen mit mehreren verlinkten Wegen; mehreren neuen Suchmöglichkeiten, einschließlich der Suche nach Genen basierend auf Sequenzmustern, der Suche nach Datenbanken basierend auf den Phänotypen eines Organismus und einer organismsübergreifenden Suche; sowie eines Übersetzungsdienstes für Metaboliten-Identifikatoren.
Caspi et al. (Mon,) haben diese Frage untersucht.