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Eine Technik der Ionentrapping/Ionenmobilität/Zeitflug-Massenspektrometrie wurde verwendet, um Kollisionsquerschnitte für 660 Peptidionen zu messen, die durch tryptische Verdauung von 34 gängigen Proteinen erzeugt wurden. Die gemessenen Querschnitte wurden in einer Datenbank zusammengestellt, die Informationen über das molekulare Gewicht und die Sequenz der Peptide enthält. Die Datenbank wird verwendet, um durchschnittliche intrinsische Beiträge zu den Querschnitten (Größenparameter) für verschiedene Aminosäurereste zu generieren, indem Gleichungssysteme gelöst werden, die die unbekannten Beiträge einzelner Reste mit den Sequenzen und Querschnitten der Peptide in der Datenbank in Beziehung setzen. Größenparameter werden mit Informationen über die Aminosäurezusammensetzung kombiniert, um Querschnitte für die Peptide in der Datenbank zu berechnen. Authentische Querschnittsvorhersagen (die vor der Messung gemacht wurden) für Peptide, die in tryptischen Verdauungen von Spermienwal-Myo-globin und Hefe-Enolase beobachtet wurden, werden erstellt. Acht der 10 vorhergesagten Querschnitte liegen innerhalb von 2 % der experimentellen Werte, und alle 10 liegen innerhalb von 3,2 %. Der Nutzen von Größenparametern für die Vorhersage von Querschnitten wird erforscht und diskutiert.
Valentine et al. (Mon,) untersuchten diese Frage.
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