Virtuelles Screening mittels Protein-Ligand-Docking: Vermeidung künstlicher Anreicherung

Diese Studie befasst sich mit einer Reihe von aktuellen Themen rund um die Verwendung von Protein-Ligand-Docking im virtuellen Screening. Wir zeigen, dass es für die Validierung solcher Methoden entscheidend ist, fokussierte Bibliotheken (die Verbindungen mit eindimensionalen Eigenschaften enthalten, ähnlich den aktiven Verbindungen) zu verwenden, anstatt "zufällige" oder "drug-like" Bibliotheken, um die aktiven Verbindungen zu testen. Wir zeigen auch, dass das Docking-Programm zuverlässige Bindungsmodi erzeugen muss, um gute Anreicherungen zu erzielen. Wir demonstrieren, wie Pharmakophore verwendet werden können, um die Dockings zu leiten und die Anreicherungen zu verbessern, und wir vergleichen die Leistung von drei Konsens-Ranking-Protokollen mit dem Ranking basierend auf individuellen Bewertungsfunktionen. Schließlich zeigen wir, dass Protein-Ligand-Docking eine effektive Hilfe beim Screening von schwachen, fragmentähnlichen Bindemitteln sein kann, was schnell zu einer beliebten Strategie zur Identifizierung von Treffern geworden ist. Alle präsentierten Ergebnisse basieren auf sorgfältig konstruierten virtuellen Screening-Experimenten gegen vier Ziele, unter Verwendung des Protein-Ligand-Docking-Programms GOLD.