Fehlen des TAP2-Human-Rekombinations-Hotspots bei Schimpansen

Jüngste Experimente mit Spermientypisierung haben gezeigt, dass in mehreren Regionen des menschlichen Genoms die Rekombination nicht gleichmäßig erfolgt, sondern stattdessen in „Hotspots“ von 1-2 kb konzentriert ist. Darüber hinaus hat die beobachtete Crossover-Asymmetrie in einer Teilmenge dieser Hotspots zu der Annahme geführt, dass Hotspots auf evolutionärer Zeitskala kurzlebig sein könnten. Um diese Möglichkeit zu testen, konzentrierten wir uns auf eine Region, von der bekannt ist, dass sie einen Rekombinationshotspot bei Menschen enthält, TAP2, und fragten, ob Schimpansen, die engsten lebenden evolutionären Verwandten der Menschen, einen Hotspot an einem ähnlichen Ort beherbergen. Konkret verwendeten wir einen neuen statistischen Ansatz, um die Variation der Rekombinationsrate anhand von Mustern der Kopplungsungleichgewichts in einer Probe von 24 westlichen Schimpansen (Pan troglodytes verus) zu schätzen. Diese Methode hat sich als zuverlässig auf simulierten Daten und auf Human-Daten aus der TAP2-Region erwiesen. Auffallenderweise findet sie jedoch sehr wenig Unterstützung für die Variation der Rekombinationsrate bei TAP2 in den Daten der westlichen Schimpansen. Darüber hinaus deuten Simulationen darauf hin, dass es stärkere Unterstützung geben sollte, wenn es einen Hotspot ähnlich dem bei Menschen charakterisierten gäbe. Daher scheint es, dass der menschliche TAP2-Rekombinationshotspot nicht von westlichen Schimpansen geteilt wird. Diese Ergebnisse zeigen, dass feingliedrige Rekombinationsraten zwischen sehr eng verwandten Arten variieren können und werfen die Möglichkeit auf, dass Raten zwischen menschlichen Populationen unterschiedlich sind, was wichtige Implikationen für kopplungsungleichgewichtbasierte Assoziationsstudien hat.