DbClustal: schnelle und zuverlässige globale multiple Ausrichtungen von Proteinsequenzen, die durch Datenbanksuchen detektiert wurden

DbClustal adressiert das wichtige Problem der automatischen multiplen Ausrichtung der am besten bewerteten Vollsequenzen, die durch eine Datenbank-Homologiesuche detektiert wurden. Durch die Kombination der Vorteile von lokalen und globalen Ausrichtungsalgorithmen in einem einzigen System ist DbClustal in der Lage, genaue globale Ausrichtungen hoch divergenter, komplexer Sequenzsätze bereitzustellen. Lokale Ausrichtungsinformationen werden in eine ClustalW globale Ausrichtung in Form einer Liste von Ankerpunkten zwischen Sequenzpaaren integriert. Die Methode wird mithilfe von Ankern demonstriert, die vom Blast-Nachbearbeitungsprogramm Ballast bereitgestellt werden. Die Schnelligkeit und Zuverlässigkeit von DbClustal wurde anhand des kürzlich annotierten Pyrococcus abyssi Proteoms demonstriert, bei dem die Anzahl der Ausrichtungen mit völlig falsch ausgerichteten Sequenzen von 20 % auf <2 % reduziert wurde. Eine Webseite wurde implementiert, die BlastP-Datenbanksuchen mit automatischer Ausrichtung der besten Treffer durch DbClustal vorschlägt.