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Saisonale Überschwemmungen sind das wichtigste ökologische Phänomen im Pantanal. Jedes Jahr verwandeln sich viele Teile des Biom in aquatische Lebensräume und umgekehrt. Der Grad der Überflutung schafft eine Vielzahl bedeutender Lebensräume. Überschwemmungen nehmen etwa 80% des gesamten Pantanal ein. Im Gegensatz dazu bleiben während der Trockenzeit die meisten überfluteten Bereiche trocken, wenn das Wasser zu den Flussbetten zurückkehrt oder verdunstet. Das Pantanal ist ein großes kontinentales Savannenfeuchtgebiet (147.574 km² in Brasilien), das im Norden an Bolivien und im Süden an Paraguay angrenzt. Das Labyrinth schwankender Wasserstände, Nährstoffe und Biota bildet ein dynamisches Ökosystem. Die Vegetation umfasst 1.863 Phanerogamen-Pflanzenarten, die für die Flussufer aufgeführt sind, und 3.400 für das gesamte Einzugsgebiet sowie 250 Arten aquatischer Pflanzen. Die komplexe Vegetationsdecke und die saisonale Produktivität unterstützen eine vielfältige und reiche Fauna innerhalb der Flussufer: 263 Fischarten, 41 Amphibienarten, 113 Reptilienarten (177 für das Einzugsgebiet), 463 Vogelarten und 132 Säugetierarten. Viele gefährdete Arten kommen vor, darunter der Jaguar (Panthera onca Linnaeus, 1758). Wasservögel sind während der Trockenzeit außergewöhnlich zahlreich. Analysen der Ursachen der Bedrohungen für die Biodiversität haben gezeigt, dass Abholzung (17% des Pantanal und 63% des umliegenden Hügellands) mit Modifikation und Verlust natürlicher Lebensräume aufgrund von Viehzucht, nicht nachhaltiger Landwirtschaft, Bergbau, Umweltverschmutzung (einschließlich Quecksilber, Pestizide, städtische Abwässer), unorganisiertem Tourismus, Feuer, Störungen in der oberen Region, die den hydrologischen Fluss verändern, Erosion sowie schwache Umsetzung und Durchsetzung von Gesetzen die Hauptprobleme darstellen, mit denen der Naturschutz und die nachhaltige Nutzung konfrontiert sind. Aus einer evolutionären Perspektive scheint die lokale Biodiversität gut an das saisonale Schrumpfen und Wachsen natürlicher Lebensräume aufgrund von Überschwemmungen angepasst zu sein. Die Umwandlung natürlicher Vegetation aufgrund menschlicher Besiedlung ist jedoch eine reale Bedrohung für die Biodiversität.
CJR. Alho (Sat.) hat diese Frage untersucht.