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Eine perfekte bakterielle Genom-Assembly ist eine, bei der die assemblierte Sequenz genau mit dem Genom des Organismus übereinstimmt – jede Replikonsequenz ist vollständig und enthält keine Fehler. Obwohl es in der Vergangenheit schwierig war, dies zu erreichen, haben Verbesserungen in der Langzeit-Sequenzierung, Assemblierern und Polierern perfekte Assemblierungen in Reichweite gebracht. Hier beschreiben wir unseren empfohlenen Ansatz zur perfekten Assembly eines bakteriellen Genoms unter Verwendung einer Kombination aus Long-Reads von Oxford Nanopore Technologies und Short-Reads von Illumina: Trycycler-Langlese-Assembly, Medaka-Langlese-Politur, Polypolish-Short-Read-Politur, gefolgt von anderen Short-Read-Polierwerkzeugen und manueller Kuratierung. Wir diskutieren auch mögliche Fallstricke, auf die man beim Zusammenstellen herausfordernder Genome stoßen könnte, und bieten ein Online-Tutorial mit Beispieldaten an (github.com/rrwick/perfect-bacterial-genome-tutorial).
Wick et al. (Do,) haben diese Frage untersucht.