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Wir haben neue Open-Source-Software namens cisTEM (computational imaging system for transmission electron microscopy) entwickelt, die für die Verarbeitung von Daten für hochauflösende Elektronen-Kryo-Mikroskopie und Einzelpartikel-Durchschnitt verwendet wird. cisTEM verfügt über eine grafische Benutzeroberfläche, die verwendet wird, um Aufträge einzureichen, deren Fortschritt zu überwachen und Ergebnisse anzuzeigen. Es implementiert eine vollständige Verarbeitungspipeline, einschließlich Filmverarbeitung, Bestimmung des Bilddefokus, automatische Partikelauswahl, 2D-Klassifizierung, ab-initio 3D-Kartenerzeugung aus zufälligen Parametern, 3D-Klassifizierung sowie hochauflösende Verfeinerung und Rekonstruktion. Einige dieser Schritte implementieren neu entwickelte Algorithmen; andere wurden aus zuvor veröffentlichten Algorithmen adaptiert. Die Software ist optimiert, um die Verarbeitung typischer Datensätze (2000 Mikrogramme, 200 k – 300 k Partikel) auf einer hochklassigen, CPU-basierten Workstation in einem halben Tag oder weniger zu ermöglichen, vergleichbar mit GPU-beschleunigter Verarbeitung. Aufträge können auch auf großen Computerclustern mit flexiblen Ausführungsprofilen geplant werden, die an die meisten Computerumgebungen angepasst werden können. cisTEM ist zum Download auf cistem.org verfügbar.
Grant et al. (Mi,) haben diese Frage untersucht.
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