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Der erste Schritt der Dephosphorylierungsreaktion eines Tyrosinphosphatsubstrats, katalysiert durch die niedermolekulare bovine Protein-Tyrosin-Phosphatase (BPTP), wurde untersucht, wobei ein kombiniertes quantenmechanisches und molekularem Mechanik-Ansatz in molekularen Dynamiksimulationen verwendet wurde. Es wurde festgestellt, dass das Enzym ein Dianion-Substrat in der Dephosphorylierungsreaktion bevorzugt, was mit Experimenten übereinstimmt, jedoch im Widerspruch zu einem kürzlich vorgeschlagenen mechanistischen Konzept steht, das ein Monoanion-Phosphat beinhaltet. Die berechnete Aktivierungsfrei-Energie beträgt ca. 14 kcal/mol, was den Aktivierungsparametern entspricht, die in der vorliegenden Studie aus Stopped-Flow-Kinetik-Experimenten bestimmt wurden. Strukturelle Analysen unterstützen die Feststellung, dass BPTP Dephosphorylierungsreaktionen katalysiert, indem es den Übergangszustand durch Walden-Inversions-verstärkte Wasserstoffbrückenbindungen während des SN2-Prozesses stabilisiert.
Alhambra et al. (Wed,) haben diese Frage untersucht.